Yaoundé hình thành do các thương nhân người Đức lập vào năm 1888 làm căn cứ buôn ngà voi và là trạm thí nghiệm canh nông. Thành phố bị quân đội Bỉ chiếm đóng trong Chiến tranh thế giới thứ nhất. Sau khi Đức bại trận, miền đông xứ Cameroon được giao cho thực dân Pháp cai trị và Yaoundé biến thành thủ phủ xứ Cameroun thuộc Pháp. Đến thời kỳ độc lập, Yaoundé giữ vai trò thủ đô nước Cộng hòa Cameroon cho tới ngày nay.